Aplicación de algoritmos evolutivos a la búsqueda

Resumen

El control en la producción de proteínas en las células es un problema importante de la biología molecular,  del  cual  dependen  un  sinnúmero  de  aplicaciones  en  los  campos  de  la  medicina, la agricultura y ganadería.  Esta  producción  está  regulada  al  interior de  la  célula   por  un interruptor  biológico basado en  la  fijación de una  proteína (el  factor de transcripción)  sobre  sitios determinados al interior de los genes portadores de la información genética. Este sitio de fijación se conoce como el motivo de una proteína. Existen métodos en  la biología para identificar estos sitios  de  fijación, pero son procedimientos  muy costosos  y toman mucho tiempo. Los métodos basados   en la computación evolutiva han demostrado ser  algoritmos más eficientes y eficaces a la hora de identificar las  posiciones del motivo que todo otro método desarrollado hasta la fecha. En este trabajo se implementaron dos métodos propios de búsqueda de motivos, uno basado en los algoritmos genéticos (MBMAG) y otro en la  estimación de distribuciones (MBMEDA), los cuales evalúan  el contenido de información de los individuos de la población para discriminar las mejores soluciones en cada generación. Los resultados obtenidos sobre bases de ADN fueron  evaluados  utilizando  métricas  estándar  para medir  el  desempeño  de    métodos  computacionales  de  búsquedas.  Estos  resultados muestran  que  los  métodos  evolutivos  son  superiores respecto  a  otros  métodos  conocidos,  en  cuanto  a  encontrar  un  mayor  número  de secuencias correctas que constituyen el motivo.